Membres du service :

Vincent THERY, Maître de Conférences, équipe Chimie Organique et Médicinale (COM). Responsable scientifique

Lionel NAUTON, Ingénieur d’Etudes CNRS. Responsable administratif

Bettina ABOAB, Maître de Conférences, équipe  Chimie Organique et Médicinale (COM).

Le service de modélisation moléculaire accompagne l'ensemble des équipes de l'institut de Chimie de Clermont-Ferrand qui le souhaitent, dans la réalisation de leurs projets. Le service propose son expertise, dans l’étude conformationnelle des composés synthétisés au laboratoire, dans le calcul des propriétés physiques et chimiques de ces mêmes molécules (au niveau quantique, calculs de spectres UV-Visible, IR, réactivité chimique, biochimique...). Le service a également une expertise dans les systèmes de grandes tailles comme les protéines, avec la possibilité de refaire les affinements cristallographiques de ces systèmes ( si besoin), afin de bien préparer les cibles pour du Docking, de proposer des études par dynamique moléculaire de systèmes biologiques pour dégager des énergies d'interactions entre ligands et récepteurs, ou pour visualiser comment certaines protéines s'insèrent dans les membranes. Le service est également à même de réaliser des études en QM/MM sur des systèmes enzymatiques.

Modalités d’accès au service :

Pour les académiques :

en interne :

Plusieurs niveaux de prestations sont proposés :

  • Expertise et conseil.
  • Prise en charge d’une étude (dans le cadre d’une collaboration ou d’une convention).
  • Accompagnement lors d’une étude.
  • Formation de base à l’utilisation des matériels et des logiciels de modélisation.
  • Mise à disposition de station de travail ou de visualisation 3D.
  • Accès au mésocentre.

Formulaire de demande d'analyses

en externe :

Le service étudie toutes les possibilités de collaborations extérieures à l’institut dans le cadre des ses savoirs-faire et des possibilités liées aux différents types de licences des logiciels utilisés, nous contacter pour toutes demandes de collaboration.

Pour les partenariats industriels :

Nous contactez pour faire une étude de faisabilité en accord avec les droits d’utilisation de nos licences logiciels.

Matériel disponible :

Dans un souci d'efficacité le service garde une puissance de calcul propre, afin de réaliser tous les calculs préparatoires, pour n'envoyer sur le mésocentre que des calculs d'intérêts.
  1. Station de calcul DELL, PowerEdge R815, 32 Processeur, 64 Go de RAM.
  2. Station de calcul GPU, 32 Processeur CPU, 32 Go de RAM, 4 carte graphique nvidia geforce TITAN X pour le calcul GPU.
  3. Station graphique : 4 processeurs, 8Go de Ram, carte graphique nVidia quadro FX 3800, permettant de faire de la stéréo.
  4. Mésocentre de Clermont-Ferrand comprenant des nœuds de calcul de 16 ou 32 cœurs, avec 64 ou 128 Go de RAM, ainsi que plusieurs machines SMP ( 80 coeurs minimum), dont certaines equipées de cartes GPU ( P100).

Logiciels disponibles :

Calculs et modélisations :

Visualisations :

Cristallographie :

Docking :

Vidéos



Publications

2020

Mechanism of photochemical degradation of Fe(III)-EDDS complex. Authors : S.JaberaM.LeremboureabV.TheryaA.-M.DelortaG.Mailho. Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry.Volume 399, 1 August 2020, 112646

Enzymatic Synthesis of Aliphatic Acyloins Catalyzed by Thermostable Transketolase. Authors : Casajus, H.; Lagarde, A.; Leremboure, M.; De Dios Miguel, T.; Nauton, L.; Thery, V.; Fessner, W.-D.; Duguet, N.; Charmantray, F.; Hecquet,L . CHEMCATCHEM.

Pyridin-2(1H)One Derivatives: A Possible New Class of Therapeutics for Mechanical Allodynia. Authors : Visseq, A.; Descheemaeker, A.; Pinto-Pardo, N.; Nauton, L.; Thery, V.; Giraud, F.; Abrunhosa-Thomas, I.; Artola, A.; Anizon, F.; Dallel, R.; Moreau, P. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY 2020, 187.

Pyruvate Aldolases Catalyze Cross-Aldol Reactions between Ketones: Highly Selective Access to Multi-Functionalized Tertiary Alcohols. Authors : Laurent, V.; Gourbeyre, L.; Uzel, A.; Helaine, V.; Nauton, L.; Traikia, M.; de Berardinis, V.; Salanoubat, M.; Gefflaut, T.; Lemaire, M.; Guerard-Helaine, C. ACS CATALYSIS 2020, 10 (4), 2538–2543.

Functionalization of 9-Thioxanthone at the 1-Position: From Arylamino Derivatives to [1] Benzo(Thio)Pyrano [4,3,2-de]Benzothieno[2,3-b]Quinolines of Biological Interest. Authors : Brikci-Nigassa, N. M.; Nauton, L.; Moreau, P.; Mongin, O.; Duval, R. E.; Picot, L.; Thiery, V.; Souab, M.; Baratte, B.; Ruchaud, S.; Bach, S.; Le Guevel, R.; Bentabed-Ababsa, G.; Erb, W.; Roisnel, T.; Dorcet, V.; Mongin, F. BIOORGANIC CHEMISTRY 2020, 94.

2019

Diastereoselective Synthesis of 2,6-Disubstituted-1,2,3,6-Tetrahydropyridines through a Palladium-Catalyzed Intramolecular Allylic Amination. Authors : Alexia Visseq, Thibaut Boibessot, Lionel Nauton, Vincent Théry, Fabrice Anizon, Isabelle Abrunhosa‐Thomas.
Source : European Journal of Organic Chemistry : Online Version of Record before inclusion in an issue.

Pyridin-2(1H)one derivatives: A possible new class of therapeutics for mechanical allodynia. Authors : Visseq, Descheemaeker, Pinto-Pardo, Nauton, Théry, Giraud, Abrunhosa-Thomas, Artola, Anizon, Dallel, Moreau.
Source : European journal of medicinal chemistry. 

Functionalization of 9-thioxanthone at the 1-position: From arylamino derivatives to [1]benzo(thio)pyrano[4,3,2-de]benzothieno[2,3-b]quinolines of biological interest. Authors : Nahida Mokhtari, Brikci-Nigassaab, Lionel Nauton, Pascale Moreau, Olivier Mongin, Raphaël E.Duval, Laurent Picot, ValérieThiéry, Mohamed Souab, Blandine Baratte, Sandrine Ruchaud, Stéphane Bach, Rémy Le Guevel, Ghenia Bentabed-Ababsa, William Erb, Thierry Roisnel, Vincent Dorcet, Florence Mongin.
Source : Bioorganic Chemistry : Available online 10 October 2019, 103347.

Achiral Hydroxypyruvaldehyde Phosphate as a Platform for Multi-Aldolases Cascade Synthesis of Diuloses and for a Quadruple Acetaldehyde Addition Catalyzed by 2-Deoxyribose-5-Phosphate Aldolases. Authors : Victor Laurent, Virgil Hélaine, Carine Vergne-Vaxelaire, Lionel Nauton, Mounir Traikia, Jean-Louis Petit, Marcel Salanoubat, Véronique de Berardinis, Marielle Lemaire, Christine Guérard-Hélaine.
Source : ACS CATALYSIS, Volume: 9 Issue: 10 Pages: 9508-9512.

Exploration of Aldol Reactions Catalyzed by Stereoselective Pyruvate Aldolases with 2-Oxobutyric Acid as Nucleophile. Authors : V. Laurent, A. Uzel, V. Hélaine, L. Nauton, M. Traïkia, T. Gefflaut, M. Salanoubat, V. de Berardinis, M. Lemaire, C. Guérard‐Hélaine.
Source : ADVANCED SYNTHESIS & CATALYSIS : Volume: 361 Issue: 11 Pages: 2713-2717 Special Issue: SI.

NC alpha-gem-dimethylated peptoid side chains: A novel approach for structural control and peptide sequence mimetics. Authors : Radhe Shyam, Lionel Nauton, Gaetano Angelici, Olivier Roy, Claude Taillefumier, Sophie Faure.
Source : BIOPOLYMERS , Volume: 110 Issue: 6 Special Issue: SI.

Evolved Thermostable Transketolase for Stereoselective Two-Carbon Elongation of Non-Phosphorylated Aldoses to Naturally Rare Ketoses. Authors : Marion Lorillière, Romain Dumoulin, Mélanie L’enfant, Agnès Rambourdin, Vincent Thery, Lionel Nauton, Wolf-Dieter Fessner, Franck Charmantray, Laurence Hecquet.
Source : ACS CATALYSIS, Volume: 9 Issue: 6 Pages: 4754-4763.

Kinase inhibitions in pyrido[4,3-h] and [3,4-g]quinazolines: Synthesis, SAR and molecular modeling studies. Authors : Wael Zeinyeh, Yannick J.Esvan, Béatrice Josselin, Blandine Baratte, Stéphane Bach, Lionel Nauton, Vincent Théry, Sandrine Ruchaud, Fabrice Anizon, Francis Giraud, Pascale Moreau.
Source : Bioorganic & Medicinal Chemistry, Volume 27, Issue 10, 15 May 2019, Pages 2083-2089.

2018

Synthesis of branched‐chain sugars with a DHAP‐dependent aldolase: ketones are electrophile substrates of rhamnulose‐1‐phosphate aldolases. Authors : Victor Laurent, Ekaterina Darii,  Angelina Aujon, Marine Debacker, Jean‐Louis Petit, Virgil Hélaine, Tibor Liptaj, Martin Breza, Aline Mariage, Lionel Nauton, Mounir Traïkia, Marcel Salanoubat, Marielle Lemaire, Christine Guérard‐Hélaine, Véronique de Berardinis.
Source : Angewandte, Volume 57 (19), pages 5467-5471.


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