ICCF > Equipe BIOMETA > Thématique META

Responsable : Pierre AMATO, CR CNRS

Nos activités de recherche concernent les processus microbiens et leurs interactions avec les processus chimiques dans l’environnement  (atmosphère, sol, eau), depuis la compréhension de la dynamique des microbiomes aux mécanismes de biodégradation. Des approches intégratives à l’interface chimie/biologie/physique sont développées, et combinent observations en milieu naturel, expérimentations en micro/mésocosmes, et modélisation numérique. Nous déclinons nos activités selon 2 grandes thématiques :

(Pages en construction)

  • Biodégradation de contaminants organiques persistants et émergents : (micro)plastiques, pesticides, antibiotiques.
  • Microbiologie de l’atmosphère, impacts biogéochimiques et interactions surface-atmosphère

Personnels permanents

(Anciens membres permanents)

Anne-Marie DELORT (01/2022)

Doctorant(e)s, PostDocs et assimilés actuels

 

Nom

Statut

Support/projet

Dates

Thème de recherche

Kifle AREGAHEGN

Postdoc

CNRS/MOPGA MOBIDIC

01/2023-…

Modèles de chimie de l'atmosphère

Laurie CALARNOU

Ingénieur d’Etude

LCR BioDlab ICCF/ Michelin

06/2023-05/2025

Biodégradabilité d’élastomères

Roxane DHOMMEE

Doctorante (50% LMGE UMR6023)

ISITE CAP2025

01/2021-…

Procédé préventif naturel de bioremédiation des sols agricoles

Tiphaine LABED-VEYDERT

Postdoc (50% INRAe UREP)

ISITE CAP2025 CIR1 Axe3

10/2022-…

Observations à l’interface surface-atmosphère

Frédéric MATHONAT

Doctorant

UCA

09/2022-…

Déterminants biologiques de l’activité microbienne dans l’atmosphère

Leslie NUNEZ-LOPEZ

Doctorante

UCA

12/2021 -…

Modèles d'activité microbienne dans l'atmosphère

Anciens doctorants/ PostDocs (depuis 2013)

Nom

Statut

Support

Dates

Zeina BOURHANE

Postdoc

ANR MOPGA MOBIDIC

02/2022-04/2023

Laurie CALARNOU

Ingénieure d’Etude

Michelin

07/2020-04/2023

Florent ROSSI

Postdoc

NSERC (Canada)

01/2021-12/2022

Raphaëlle PEGUILHAN

Doctorante

UCA

03/2019-09/2022

Jonathan VYSKOCIL

Postdoc

ANR METACLOUD

09/2021-08/2022

Amina KHALED

Postdoc

ANR MOPGA MOBIDIC

10/2019-09/2021

Minghui ZHANG

Postdoc

ANR MOPGA MOBIDIC

10/2019-09/2021

Christelle GHAFFAR

Doctorante

CPER SYMBIOSE

10/2019-09/2021

Florent ROSSI

Postdoc

CNRS INC

01/2020-12/2020

Laurianne PARIS

Postdoc (50% LMGE UMR6023)

ANR Antibiotox

10/2019-09/2020

Saly JABER

Doctorante

Gouvernement Libanais

10/2017-11/2020

Maxence BRISSY

Doctorant (50% LaMP UMR6016)

ANR MOPGA MOBIDIC

09/2018-08/2020

Clément DESCARPENTRIES

Doctorant (50% LMGE UMR6023)

MESR

10/2017-09/2019

Kevin DILLON

Doctorant visiteur long-terme ; Rutgers University, NJ, USA

Bourse Chateaubriand

3 mois en 2018, 3 mois en 2019

Miriam TOLPINA

Doctorante

Co-tutelle Russie

10/2017- 12/2019

Felipe BRUNA GONZALEZ

Postdoc (Equipe MI ICCF, LMGE UMR6023)

CPER SYMBIOSE

02/2017-

03/2018

Ludovic BESAURY

Postdoc

ANR-DFG CHLOROFILTER

09/2016-08/2017

Muriel JOLY

Postdoc

ANR INHALE

09/2016-05/2017

Audrey LALLEMENT

Doctorante (50% Equipe Photochimie ICCF)

ANR BIOCAP

10/2014-12/2017

Nolwenn WIRGOT

Doctorante

MESR

10/2013-04/2017

Pascal RENARD

Postdoc

ANR SONATA

04/2014-09/2016

Louis CARLES

Doctorant (50% LMGE UMR6023)

MESR

10/2013-12/2016

Boris EYHERAGUIBEL

Postdoc

ANR OXOBIO/ ANR OXOMAR/ Contrat Symphony/ Contrat Michelin

05/2013-01/2023

Principaux projets de recherche et financements

Projets structurants :

2023-2027 LCR BioDlab ICCF-MICHELIN : « Méthodes d’évaluation de la dégradation abiotique et biotique d’élastomères dièniques et compréhension des mécanismes associés « ; PI P. Besse-Hoggan.
2018-2023 ANR Make Our Planet Make Again MOBIDIC
« Modeling Biologically Driven Processes in Clouds » ; PI B. Ervens/A.-M. Delort/P. Amato.
2020-2021 FEDER DECIME : « Devenir des contaminants émergents et impacts écosystémiques » ; PI P. Amato.
2013-2020 PIA MetaboHUB : « Infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique
» ; PI A.-M. Delort.
2013-2015 FEDER OXOBIO : « Etude de l’impact de facteurs environnementaux sur la biodégradation de matériaux d’emballage oxobiodégradables à base de polyéthylène », PI A.-M. Delort.

Projets portés:

2023 Fédération Des Recherches en Environnement « NitBA : Sources d’azote inorganique pour les bactéries de l’atmosphère » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2021-2023 : ISITE / Convention Département de l’Allier « BioProtect : Bioremédiation des sols agricoles : une approche naturelle préventive pour réduire la contamination du sol et des eaux par les produits phytosanitaires » ; PI P. Besse-Hoggan ; Collab. LMGE (Clermont-Fd).
2021 Fédération Des Recherches en Environnement « Hydro-Agro : Etude multisite de la signature chimique et biologique le long du continuum hydrique, et impact des agrosystèmes » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE, PIAF, LISC, UREP, GeoLAB (Clermont-Fd), ISA (Lyon).
2020 Fédération Des Recherches en Environnement « CAPT-AIR : Développement d’une méthode ultrasensible de capture des bioaérosols » ; PI P. Amato ; Collab. MEDIS (Clermont-Fd).
2019-2023 ANR PRC « METACLOUD : Intégration du métabolisme microbien dans la chimie des nuages : des omiques au modèle » ; PI A.-M. Delort/P. Amato ; Collab. LISBP (Toulouse), GMGM (Strasbourg), LaMP/OPGC (Clermont-Fd).
2019-2020 CNRS EC2CO MicrobiEN « BAPS : Microorganismes photosynthétiques de l’atmosphère – Diversité et activité » ; PI C. Jousse ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2018 Fédération Des Recherches en Environnement « MOPS : Microorganismes photosynthétiques atmosphériques » ; PI C. Jousse ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2016 Fédération Des Recherches en Environnement « Suivi des noyaux glaçogènes biologiques dans les précipitations » ; PI P. Amato ; Monopartenaire.
2015 CNRS LEFE-CHAT CNRS « Biophysicochimie des nuages tropicaux prélevés sur l’Ile de la Réunion » ; PI A.-M Delort ; Collab. LaMP (Clermont-Fd).
2013-2014 CNRS EC2CO MicrobiEN « FONCOMIC : Etude du Fonctionnement des Communautés Microbiennes des nuages par approche métatranscriptomique » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2012-2013 PHC Stefanik (Egide France –Slovaquie) « BIOCLARC : NMR Study of the structures of biosurfactants produced by bacteria isolated from cloud water and Arctic snow » ; PI. A.-M. Delort.
2012-2013 CNRS EC2CO MicrobiEN « BIOCAP : Interactions complexes de Fer-Microorganismes dans les nuages. Impact sur la transformation de la matière organique » ; PI A.-M. Delort ; Collab.  LaMP/OPGC(Clermont-Fd), (LEMAR, Brest).
2012 Fédération Des Recherches en Environnement « Analyse métatranscriptomique et métagénomique de l’eau des nuages » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).

Partenaires de projets:

2023 Fédération Des Recherches en Environnement « DANCE : Détection et caractérisation des propriétés fluorescentes des bioaérosols » porté par E. Freney (LaMP)
2023 Fédération Des Recherches en Environnement « PONCOS : La Pollution des nuages contribue-t-elle à la contamination des sols ? » porté par A. Bianco (LaMP)
2022-2026 Laboratoire International Associé (LIA) France-Chine « PRE - Processes for Environmental Remediation (UCA/CNRS – Wuhan University) » porté par G. Mailhot (ICCF, Clermont-Fd)

2020-2024 Programme Discovery Frontiers NSERC (Canada) « ARG Antimicrobial Resistance Genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments: sources, profiles, transport and fate » porté par C. Duchaine (Univ. Laval, Québec, Canada).
2019-2023 ANR PRC BIOMAIDO « Bio-physicochimie des nuages tropicaux au Mt Maïdo (La Réunion): processus et impacts sur la formation des aérosols organiques secondaires » porté par M. Leriche (LaMP, Clermont-Fd)
2019-2020 Fondation Air Liquide « What about plastic pollution in the atmosphere? » porté par A. Ter Halle (IMRCP, Toulouse)
2018-2022 ANR PRCE ANTIBIOTOX « Dynamique des antibiotiques et des gènes de résistance associés dans les agrosystèmes : risques écotoxicologiques pour les communautés microbiennes des systèmes lotiques receveurs » porté par F. Martin-Laurent (INRAe Dijon)
2018 Fédération Des Recherches en Environnement « Identification des déterminants environnementaux de la distribution spatiale des bactéries glaçogènes & impacts sur les risques de dommages gélifs des plantes » ; G. Charrier (INRA PIAF, Clermont-Fd)
2016-2019 ANR PRC « INHALE : Investigation of the Atmosphere as a Real Ecosystem » porté par A. Dommergue (IGE Grenoble)

2016-2020 ANR PRC « OXOMAR : Abiotic and biotic degradation of oxo-biodegradable plastics in marine waters » porté par J-F. Gighlione (LOMIC Banyuls).
2016-2019 PRISMA Suède : « Impacts on the Glaciation of Clouds from Biogenic Aerosols Simulated Numerically» porté par V. Phillips (Lund Univ., Suède).

2016-2019 Agence de l’eau Loire Bretagne « EcoBioPest : Effets des pesticides sur les écosystèmes lotiques d'Auvergne : impacts, adaptation et candidats pour la bioremédiation » porté par J. Artigas (LMGE, Clermont-Fd)

2015-2017 ANR PRCI-DFG « CHLOROFILTER : Impact of microbial communities on atmospheric chloromethane » porté par F. Keppler (ORCA Heidelberg, Allemagne) et F. Bringel (GMGM, Strasbourg).

2014-2017 ANR PRC « BIOCAP : Impacts biologiques et photochimiques sur la capacité oxydante du nuage » porté par G. Mailhot (ICCF, Clermont-Fd).

2014-2015 CNRS EC2CO MicrobiEN-BIOHEFECT « W2RUSE : Evaluation des risques liés aux virus entériques de l'homme émis dans l’atmosphère à proximité des sites de traitement ou de réutilisation d’eaux usées » porté par D. Courault (INRA EMMAH, Avignon).

2013-2017 ANR CESA « Tricetox : Impact environnemental des herbicides β-tricétones synthétiques et naturels : détection, adaptation microbienne, biodégradation et toxicité » porté par L. Barthelmebs (IMAGES, Perpignan).

2013-2017 ANR « BEELOSS : Analyse de la synergie parasite/insecticide dans la perte des colonies d’abeilles à l’aide d’approches complémentaires chez Apis mellifera et l’organisme modèle Drosophila melanogaster » porté par Frédéric Delbac (LMGE Clermont Fd).

2013-2016 ANR France-USA « SONATA : Surfactants forts dans les aérosols atmosphériques et leur rôle dans la formation des nuages » porté par B. Nozières (IRCE Lyon).

2012-2013 CNRS EC2CO EcoDYN « Devenir et impact d’un cocktail d’herbicides sur des groupes fonctionnels microbiens : élaboration de bioindicateurs de perturbation » porté par C. Mallet (LMGE, Clermont-Fd).

2009-2012 ANR PRCI-DFG «BIOCLOUD : Biological aerosol particles in the atmosphere and their impact on clouds » ; porté par A. Flossmann (LaMP, Clermont-Fd).