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METAbolisme

ICCF > Equipe BIOMETA > Thématique META

Responsable : Pierre AMATO, CR CNRS

Nos activités de recherche concernent les processus microbiens et leurs interactions avec les processus chimiques dans l’environnement (atmosphère, sol, eau), depuis la compréhension de la dynamique des microbiomes aux mécanismes de biodégradation. Des approches intégratives à l’interface chimie/biologie/physique sont développées, et combinent observations en milieu naturel, expérimentations en micro/mésocosmes, et modélisation numérique. Nous déclinons nos activités selon 2 grandes thématiques :

(Pages en construction)

Biodégradation de contaminants organiques persistants et émergents : (micro)plastiques, pesticides, antibiotiques.
Microbiologie de l’atmosphère, impacts biogéochimiques et interactions surface-atmosphère

Personnels permanents

(Anciens membres permanents)

Anne-Marie DELORT (01/2022)

Doctorant(e)s, PostDocs et assimilés actuels

Nom	Statut	Support/projet	Dates	Thème de recherche
Kifle AREGAHEGN	Postdoc	CNRS/MOPGA MOBIDIC	01/2023-…	Modèles de chimie de l'atmosphère
Laurie CALARNOU	Ingénieur d’Etude	LCR BioDlab ICCF/ Michelin	06/2023-05/2025	Biodégradabilité d’élastomères
Roxane DHOMMEE	Doctorante (50% LMGE UMR6023)	ISITE CAP2025	01/2021-…	Procédé préventif naturel de bioremédiation des sols agricoles
Tiphaine LABED-VEYDERT	Postdoc (50% INRAe UREP)	ISITE CAP2025 CIR1 Axe3	10/2022-…	Observations à l’interface surface-atmosphère
Frédéric MATHONAT	Doctorant	UCA	09/2022-…	Déterminants biologiques de l’activité microbienne dans l’atmosphère
Leslie NUNEZ-LOPEZ	Doctorante	UCA	12/2021 -…	Modèles d'activité microbienne dans l'atmosphère

Anciens doctorants/ PostDocs (depuis 2013)

Nom	Statut	Support	Dates
Zeina BOURHANE	Postdoc	ANR MOPGA MOBIDIC	02/2022-04/2023
Laurie CALARNOU	Ingénieure d’Etude	Michelin	07/2020-04/2023
Florent ROSSI	Postdoc	NSERC (Canada)	01/2021-12/2022
Raphaëlle PEGUILHAN	Doctorante	UCA	03/2019-09/2022
Jonathan VYSKOCIL	Postdoc	ANR METACLOUD	09/2021-08/2022
Amina KHALED	Postdoc	ANR MOPGA MOBIDIC	10/2019-09/2021
Minghui ZHANG	Postdoc	ANR MOPGA MOBIDIC	10/2019-09/2021
Christelle GHAFFAR	Doctorante	CPER SYMBIOSE	10/2019-09/2021
Florent ROSSI	Postdoc	CNRS INC	01/2020-12/2020
Laurianne PARIS	Postdoc (50% LMGE UMR6023)	ANR Antibiotox	10/2019-09/2020
Saly JABER	Doctorante	Gouvernement Libanais	10/2017-11/2020
Maxence BRISSY	Doctorant (50% LaMP UMR6016)	ANR MOPGA MOBIDIC	09/2018-08/2020
Clément DESCARPENTRIES	Doctorant (50% LMGE UMR6023)	MESR	10/2017-09/2019
Kevin DILLON	Doctorant visiteur long-terme ; Rutgers University, NJ, USA	Bourse Chateaubriand	3 mois en 2018, 3 mois en 2019
Miriam TOLPINA	Doctorante	Co-tutelle Russie	10/2017- 12/2019
Felipe BRUNA GONZALEZ	Postdoc (Equipe MI ICCF, LMGE UMR6023)	CPER SYMBIOSE	02/2017- 03/2018
Ludovic BESAURY	Postdoc	ANR-DFG CHLOROFILTER	09/2016-08/2017
Muriel JOLY	Postdoc	ANR INHALE	09/2016-05/2017
Audrey LALLEMENT	Doctorante (50% Equipe Photochimie ICCF)	ANR BIOCAP	10/2014-12/2017
Nolwenn WIRGOT	Doctorante	MESR	10/2013-04/2017
Pascal RENARD	Postdoc	ANR SONATA	04/2014-09/2016
Louis CARLES	Doctorant (50% LMGE UMR6023)	MESR	10/2013-12/2016
Boris EYHERAGUIBEL	Postdoc	ANR OXOBIO/ ANR OXOMAR/ Contrat Symphony/ Contrat Michelin	05/2013-01/2023

Principaux projets de recherche et financements

Projets structurants :

2023-2027 LCR BioDlab ICCF-MICHELIN : « Méthodes d’évaluation de la dégradation abiotique et biotique d’élastomères dièniques et compréhension des mécanismes associés « ; PI P. Besse-Hoggan.
2018-2023 ANR Make Our Planet Make Again MOBIDIC « Modeling Biologically Driven Processes in Clouds » ; PI B. Ervens/A.-M. Delort/P. Amato.
2020-2021 FEDER DECIME : « Devenir des contaminants émergents et impacts écosystémiques » ; PI P. Amato.
2013-2020 PIA MetaboHUB : « Infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique » ; PI A.-M. Delort.
2013-2015 FEDER OXOBIO : « Etude de l’impact de facteurs environnementaux sur la biodégradation de matériaux d’emballage oxobiodégradables à base de polyéthylène », PI A.-M. Delort.

Projets portés:

2023 Fédération Des Recherches en Environnement « NitBA : Sources d’azote inorganique pour les bactéries de l’atmosphère » ; PI P. Amato ; Collab. LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2021-2023 : ISITE / Convention Département de l’Allier « BioProtect : Bioremédiation des sols agricoles : une approche naturelle préventive pour réduire la contamination du sol et des eaux par les produits phytosanitaires » ; PI P. Besse-Hoggan ; Collab. LMGE (Clermont-Fd).
2021 Fédération Des Recherches en Environnement « Hydro-Agro : Etude multisite de la signature chimique et biologique le long du continuum hydrique, et impact des agrosystèmes » ; PI P. Amato ; Collab. LaMP/OPGC, LMGE, PIAF, LISC, UREP, GeoLAB (Clermont-Fd), ISA (Lyon).
2020 Fédération Des Recherches en Environnement « CAPT-AIR : Développement d’une méthode ultrasensible de capture des bioaérosols » ; PI P. Amato ; Collab. MEDIS (Clermont-Fd).
2019-2023 ANR PRC « METACLOUD : Intégration du métabolisme microbien dans la chimie des nuages : des omiques au modèle » ; PI A.-M. Delort/P. Amato ; Collab. LISBP (Toulouse), GMGM (Strasbourg), LaMP/OPGC (Clermont-Fd).
2019-2020 CNRS EC2CO MicrobiEN « BAPS : Microorganismes photosynthétiques de l’atmosphère – Diversité et activité » ; PI C. Jousse ; Collab. LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2018 Fédération Des Recherches en Environnement « MOPS : Microorganismes photosynthétiques atmosphériques » ; PI C. Jousse ; Collab. LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2016 Fédération Des Recherches en Environnement « Suivi des noyaux glaçogènes biologiques dans les précipitations » ; PI P. Amato ; Monopartenaire.
2015 CNRS LEFE-CHAT CNRS « Biophysicochimie des nuages tropicaux prélevés sur l’Ile de la Réunion » ; PI A.-M Delort ; Collab. LaMP (Clermont-Fd).
2013-2014 CNRS EC2CO MicrobiEN « FONCOMIC : Etude du Fonctionnement des Communautés Microbiennes des nuages par approche métatranscriptomique » ; PI P. Amato ; Collab. LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2012-2013 PHC Stefanik (Egide France –Slovaquie) « BIOCLARC : NMR Study of the structures of biosurfactants produced by bacteria isolated from cloud water and Arctic snow » ; PI. A.-M. Delort.
2012-2013 CNRS EC2CO MicrobiEN « BIOCAP : Interactions complexes de Fer-Microorganismes dans les nuages. Impact sur la transformation de la matière organique » ; PI A.-M. Delort ; Collab. LaMP/OPGC(Clermont-Fd), (LEMAR, Brest).
2012 Fédération Des Recherches en Environnement « Analyse métatranscriptomique et métagénomique de l’eau des nuages » ; PI P. Amato ; Collab. LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).

Partenaires de projets:

2023 Fédération Des Recherches en Environnement « DANCE : Détection et caractérisation des propriétés fluorescentes des bioaérosols » porté par E. Freney (LaMP)
2023 Fédération Des Recherches en Environnement « PONCOS : La Pollution des nuages contribue-t-elle à la contamination des sols ? » porté par A. Bianco (LaMP)
2022-2026 Laboratoire International Associé (LIA) France-Chine « PRE - Processes for Environmental Remediation (UCA/CNRS – Wuhan University) » porté par G. Mailhot (ICCF, Clermont-Fd)
2020-2024 Programme Discovery Frontiers NSERC (Canada) « ARG Antimicrobial Resistance Genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments: sources, profiles, transport and fate » porté par C. Duchaine (Univ. Laval, Québec, Canada).
2019-2023 ANR PRC BIOMAIDO « Bio-physicochimie des nuages tropicaux au Mt Maïdo (La Réunion): processus et impacts sur la formation des aérosols organiques secondaires » porté par M. Leriche (LaMP, Clermont-Fd)
2019-2020 Fondation Air Liquide « What about plastic pollution in the atmosphere? » porté par A. Ter Halle (IMRCP, Toulouse)
2018-2022 ANR PRCE ANTIBIOTOX « Dynamique des antibiotiques et des gènes de résistance associés dans les agrosystèmes : risques écotoxicologiques pour les communautés microbiennes des systèmes lotiques receveurs » porté par F. Martin-Laurent (INRAe Dijon)
2018 Fédération Des Recherches en Environnement « Identification des déterminants environnementaux de la distribution spatiale des bactéries glaçogènes & impacts sur les risques de dommages gélifs des plantes » ; G. Charrier (INRA PIAF, Clermont-Fd)
2016-2019 ANR PRC « INHALE : Investigation of the Atmosphere as a Real Ecosystem » porté par A. Dommergue (IGE Grenoble)
2016-2020 ANR PRC « OXOMAR : Abiotic and biotic degradation of oxo-biodegradable plastics in marine waters » porté par J-F. Gighlione (LOMIC Banyuls).
2016-2019 PRISMA Suède : « Impacts on the Glaciation of Clouds from Biogenic Aerosols Simulated Numerically» porté par V. Phillips (Lund Univ., Suède).

2016-2019 Agence de l’eau Loire Bretagne « EcoBioPest : Effets des pesticides sur les écosystèmes lotiques d'Auvergne : impacts, adaptation et candidats pour la bioremédiation » porté par J. Artigas (LMGE, Clermont-Fd)

2015-2017 ANR PRCI-DFG « CHLOROFILTER : Impact of microbial communities on atmospheric chloromethane » porté par F. Keppler (ORCA Heidelberg, Allemagne) et F. Bringel (GMGM, Strasbourg).

2014-2017 ANR PRC « BIOCAP : Impacts biologiques et photochimiques sur la capacité oxydante du nuage » porté par G. Mailhot (ICCF, Clermont-Fd).

2014-2015 CNRS EC2CO MicrobiEN-BIOHEFECT « W2RUSE : Evaluation des risques liés aux virus entériques de l'homme émis dans l’atmosphère à proximité des sites de traitement ou de réutilisation d’eaux usées » porté par D. Courault (INRA EMMAH, Avignon).

2013-2017 ANR CESA « Tricetox : Impact environnemental des herbicides β-tricétones synthétiques et naturels : détection, adaptation microbienne, biodégradation et toxicité » porté par L. Barthelmebs (IMAGES, Perpignan).

2013-2017 ANR « BEELOSS : Analyse de la synergie parasite/insecticide dans la perte des colonies d’abeilles à l’aide d’approches complémentaires chez Apis mellifera et l’organisme modèle Drosophila melanogaster » porté par Frédéric Delbac (LMGE Clermont Fd).

2013-2016 ANR France-USA « SONATA : Surfactants forts dans les aérosols atmosphériques et leur rôle dans la formation des nuages » porté par B. Nozières (IRCE Lyon).

2012-2013 CNRS EC2CO EcoDYN « Devenir et impact d’un cocktail d’herbicides sur des groupes fonctionnels microbiens : élaboration de bioindicateurs de perturbation » porté par C. Mallet (LMGE, Clermont-Fd).

2009-2012 ANR PRCI-DFG «BIOCLOUD : Biological aerosol particles in the atmosphere and their impact on clouds » ; porté par A. Flossmann (LaMP, Clermont-Fd).

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