METAbolism

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Group leader: Pierre AMATO, CR CNRS

Our research activities focus on microbiological processes in the environment (atmosphere, soil, water), from understanding microbiome dynamics to biodegradation mechanisms. We develop integrative approaches at the chemistry/biology/physics interface, combining observations in natural environments, experiments in micro/mesocosms and numerical modeling. Our activities are organized around 2 main themes:

(Pages under construction)

• Biodegradation of persistent and emerging organic contaminants: (micro)plastics, pesticides, antibiotics, etc.
• Atmospheric microbiology, biogeochemical impacts and surface-atmosphere interactions.

Permanent staff

• M. Pierre AMATO
• Pascale BESSE HOGGAN
• Isabelle CANET
• Barbara ERVENS
• M. Boris EYHERAGUIBEL
• M. Cyril JOUSSE
• M. Mounir TRAIKIA
• Virginie VINATIER

Past members:

Current PhD students, PostDocs and similar

Former doctoral students and postdocs (since 2013)

Main Research Projects and Funding

Structuring projects:

2023-2027 LCR BioDlab ICCF-MICHELIN : « Méthodes d’évaluation de la dégradation abiotique et biotique d’élastomères dièniques et compréhension des mécanismes associés » ; PI P. Besse-Hoggan.
2020-2021 FEDER DECIME : « Devenir des contaminants émergents et impacts écosystémiques » ; PI P. Amato.
2018-2022 ANR Make Our Planet Make Again « MOBIDIC : Modeling Biologically Driven Processes in Clouds » ; PI B. Ervens/A.-M. Delort/P. Amato;  Monopartenaire.
2013-2020 PIA MetaboHUB : « Infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique » ; PI A.-M. Delort.
2013-2015 FEDER OXOBIO : « Etude de l’impact de facteurs environnementaux sur la biodégradation de matériaux d’emballage oxobiodégradables à base de polyéthylène », PI A.-M. Delort.

Projects conducted as principal investigators:

2023 Fédération Des Recherches en Environnement « NitBA : Sources d’azote inorganique pour les bactéries de l’atmosphère » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2021-2023 : ISITE / Convention Département de l’Allier « BioProtect : Bioremédiation des sols agricoles : une approche naturelle préventive pour réduire la contamination du sol et des eaux par les produits phytosanitaires » ; PI P. Besse-Hoggan ; Collab. LMGE (Clermont-Fd).
2021 Fédération Des Recherches en Environnement « Hydro-Agro : Etude multisite de la signature chimique et biologique le long du continuum hydrique, et impact des agrosystèmes » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE, PIAF, LISC, UREP, GeoLAB (Clermont-Fd), ISA (Lyon).
2020 Fédération Des Recherches en Environnement « CAPT-AIR : Développement d’une méthode ultrasensible de capture des bioaérosols » ; PI P. Amato ; Collab. MEDIS (Clermont-Fd).
2019-2023 ANR PRC « METACLOUD : Intégration du métabolisme microbien dans la chimie des nuages : des omiques au modèle » ; PI A.-M. Delort/P. Amato ; Collab. LISBP (Toulouse), GMGM (Strasbourg), LaMP/OPGC (Clermont-Fd).
2019-2020 CNRS EC2CO MicrobiEN « BAPS : Microorganismes photosynthétiques de l’atmosphère – Diversité et activité » ; PI C. Jousse ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2018 Fédération Des Recherches en Environnement « MOPS : Microorganismes photosynthétiques atmosphériques » ; PI C. Jousse ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2016 Fédération Des Recherches en Environnement « Suivi des noyaux glaçogènes biologiques dans les précipitations » ; PI P. Amato ; Monopartenaire.
2015 CNRS LEFE-CHAT CNRS « Biophysicochimie des nuages tropicaux prélevés sur l’Ile de la Réunion » ; PI A.-M Delort ; Collab. LaMP (Clermont-Fd).
2013-2014 CNRS EC2CO MicrobiEN « FONCOMIC : Etude du Fonctionnement des Communautés Microbiennes des nuages par approche métatranscriptomique » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).
2012-2013 PHC Stefanik (Egide France –Slovaquie) « BIOCLARC : NMR Study of the structures of biosurfactants produced by bacteria isolated from cloud water and Arctic snow » ; PI. A.-M. Delort.
2012-2013 CNRS EC2CO MicrobiEN « BIOCAP : Interactions complexes de Fer-Microorganismes dans les nuages. Impact sur la transformation de la matière organique » ; PI A.-M. Delort ; Collab.  LaMP/OPGC(Clermont-Fd), (LEMAR, Brest).
2012 Fédération Des Recherches en Environnement « Analyse métatranscriptomique et métagénomique de l’eau des nuages » ; PI P. Amato ; Collab.  LaMP/OPGC, LMGE (Clermont-Fd).

Partenered projects:

2023 Fédération Des Recherches en Environnement « DANCE : Détection et caractérisation des propriétés fluorescentes des bioaérosols » porté par E. Freney (LaMP)
2023 Fédération Des Recherches en Environnement « PONCOS : La Pollution des nuages contribue-t-elle à la contamination des sols ? » porté par A. Bianco (LaMP)
2022-2026 Laboratoire International Associé (LIA) France-Chine « PRE - Processes for Environmental Remediation (UCA/CNRS – Wuhan University) » porté par G. Mailhot (ICCF, Clermont-Fd)
2020-2024 Programme Discovery Frontiers NSERC (Canada) « ARG Antimicrobial Resistance Genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments: sources, profiles, transport and fate » porté par C. Duchaine (Univ. Laval, Québec, Canada).
2019-2023 ANR PRC BIOMAIDO « Bio-physicochimie des nuages tropicaux au Mt Maïdo (La Réunion): processus et impacts sur la formation des aérosols organiques secondaires » porté par M. Leriche (LaMP, Clermont-Fd)
2019-2020 Fondation Air Liquide « What about plastic pollution in the atmosphere? » porté par A. Ter Halle (IMRCP, Toulouse)
2018-2022 ANR PRCE ANTIBIOTOX « Dynamique des antibiotiques et des gènes de résistance associés dans les agrosystèmes : risques écotoxicologiques pour les communautés microbiennes des systèmes lotiques receveurs » porté par F. Martin-Laurent (INRAe Dijon)
2018 Fédération Des Recherches en Environnement « Identification des déterminants environnementaux de la distribution spatiale des bactéries glaçogènes & impacts sur les risques de dommages gélifs des plantes » ; G. Charrier (INRA PIAF, Clermont-Fd)
2016-2019 ANR PRC « INHALE : Investigation of the Atmosphere as a Real Ecosystem » porté par A. Dommergue (IGE Grenoble)
2016-2020 ANR PRC « OXOMAR : Abiotic and biotic degradation of oxo-biodegradable plastics in marine waters » porté par J-F. Gighlione (LOMIC Banyuls).
2016-2019 PRISMA Suède : « Impacts on the Glaciation of Clouds from Biogenic Aerosols Simulated Numerically» porté par V. Phillips (Lund Univ., Suède).2016-2019 Agence de l’eau Loire Bretagne « EcoBioPest : Effets des pesticides sur les écosystèmes lotiques d'Auvergne : impacts, adaptation et candidats pour la bioremédiation » porté par J. Artigas (LMGE, Clermont-Fd)
2015-2017 ANR PRCI-DFG « CHLOROFILTER : Impact of microbial communities on atmospheric chloromethane » porté par F. Keppler (ORCA Heidelberg, Allemagne) et F. Bringel (GMGM, Strasbourg).
2014-2017 ANR PRC « BIOCAP : Impacts biologiques et photochimiques sur la capacité oxydante du nuage » porté par G. Mailhot (ICCF, Clermont-Fd).
2014-2015 CNRS EC2CO MicrobiEN-BIOHEFECT « W2RUSE : Evaluation des risques liés aux virus entériques de l'homme émis dans l’atmosphère à proximité des sites de traitement ou de réutilisation d’eaux usées » porté par D. Courault (INRA EMMAH, Avignon).
2013-2017 ANR CESA « Tricetox : Impact environnemental des herbicides β-tricétones synthétiques et naturels : détection, adaptation microbienne, biodégradation et toxicité » porté par L. Barthelmebs (IMAGES, Perpignan).
2013-2017 ANR « BEELOSS : Analyse de la synergie parasite/insecticide dans la perte des colonies d’abeilles à l’aide d’approches complémentaires chez Apis mellifera et l’organisme modèle Drosophila melanogaster » porté par Frédéric Delbac (LMGE Clermont Fd).
2013-2016 ANR France-USA « SONATA : Surfactants forts dans les aérosols atmosphériques et leur rôle dans la formation des nuages » porté par B. Nozières (IRCE Lyon).
2012-2013 CNRS EC2CO EcoDYN « Devenir et impact d’un cocktail d’herbicides sur des groupes fonctionnels microbiens : élaboration de bioindicateurs de perturbation » porté par C. Mallet (LMGE, Clermont-Fd).
2009-2012 ANR PRCI-DFG «BIOCLOUD : Biological aerosol particles in the atmosphere and their impact on clouds » ; porté par A. Flossmann (LaMP, Clermont-Fd).