PFEM_METABOHUB

Contacts :

Responsable service :

Marie Lagrée
Marie.lagree@uca.fr
Tel. : 04 73 40 55 10

Référent scientifique :

Cyril Jousse
Cyril.jousse@uca.fr
Tel. : 04 73 40 72 51

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Plate-forme d’exploration du métabolisme : des gènes aux métabolites (PFEM)

La Plate-Forme "Exploration du Métabolisme : des gènes aux métabolites" (PFEM) est une infrastructure scientifique et technologique qui réunit les compétences et les équipements du Centre INRA Clermont-Theix et de UCA-PARTNER. Cette structure centrée sur l’étude du "Métabolome" est enrichie d’une capacité d’analyses protéomique et transcriptomique qui lui permet une analyse globale des 3 niveaux de régulation (ARN, Protéines, Métabolites) du fonctionnement cellulaire, chaque composante ayant un réseau étendu de collaborations.
Site web UCA-PARTNER

Équipements :

La plateforme s’appuie sur les initiatives bioinformatiques de MetaboHUB et de l’IFB (Workflow4Metabolomics ; workflow4metabolomics.org) ainsi que sur le mésocentre auvergne (AUBI).

Robot SamplePro Tube (Bruker) préparateur d’échantillons pour analyses LC-MS et RMN :

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Spectromètre de masse ESI-Tof de type micrOTOF (Bruker) couplé à une fast-LC 1200 Series (Agilent) :

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Spectromètre de RMN 500MHz Ultrashield Plus AVANCE III, équipé d’un passeur d’échantillons réfrigéré SampleJet et d’une sonde Prodigy TCI 5mm (Bruker) :

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Prestations :

La Plate-Forme d’Exploration du Métabolisme (PFEM) est une plateforme technologique et scientifique qui accompagne des projets de métabolomique et protéomique. Cette structure commune INRA-UCA, labellisée IBiSA et certifiée ISO 9001:2008 et NF X50-900, est membre de l’infrastructure nationale (PIA) MetaboHUB (MTH ; www.metabohub.fr) qui a pour but de développer des outils, des méthodologies et d’accompagner de grands projets impliquant des approches de métabolomique et de fluxomique.

Analyses à haut débit de fluides biologiques (urines, plasmas, extraits de microorganismes…) par LC-MS/RMN. Préparations standardisées et automatisées des échantillons.

  • Détermination de profils métaboliques par LC-MS/RMN
  • Analyses de biopsies par HRMAS*
  • Traitement des données et analyses statistiques
  • Identification de biomarqueurs par LC-MSMS et RMN 2D
  • Analyse LC-RMN

*Accès à un spectromètre de RMN 500MHz AVANCE III HD équipé d’une sonde HRMAS 4mm 1H-13C-2H Grad-z (Bruker)

Applications :

La composante UCA de la PFEM est adossée à l’Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF) et partenaire au sein du service UCA-PARTNER (http://start.univ-bpclermont.fr/rub...). Son cœur d’expertise se positionne principalement en lien avec les thématiques de l’équipe BIOMETA (métabolisme microbien des nuages et des sols). Plus largement, la PFEM-UCA s’intéresse à l’impact de facteurs environnementaux (effets climatiques, pesticides et médicaments, etc.) sur le métabolisme cellulaire, principalement microbien (souches pures et consortia). Nos collaborations locales s’appuient sur l’ensemble des laboratoires de la Fédération de Recherches en Environnement (FRE CNRS3467 / INRA).